大家都说这两种结构都是可以的，都是没有什么区别的，但本人测试的结果，扁平结构很伤。
12年的时候，建了一个信息站，用的扁平结构，站内有一百多个目录，提交上线一个多月，搜索引擎迟迟不抓。后来死马当活马医，把结构重新设计为树状，HTML重新生成。半个月后，收录正常。
后来，对扁平结构就有了不一样的看法，13年闲没事的时候，又特意做了两个站，一个用树状，一个用扁平，类似的内容。结果测试结果，扁平结构，百度很不友好。
后来我想，可能是因为网站内容过少的原因，扁平结构不适用。普通企业站，就一直采用树状结构。对扁平结构敬而远之。后来在讨论这个问题的时候，有几个朋友的站，也是采用的扁平结构，也是导致百度迟迟不收录。但有些扁平结构就收录和排名都很好。
至今，对这两种结构，都没有测出来很明确的结果。不过，因为个人用扁平结构总是出问题，所以现在不管是信息站或是企业站，个人都偏向于树状结构，目录不要过深。
个人总结，个人用扁平结构失败，可能是因为网站内容太少，结构过平，导致网站没有引导和主题不明。
在此，并不是否定扁平结构，因为有扁平结构网站排名非常好的例子非常多。但要告诉大家的是，这种大多是信息量非常之大的网站，有几十万上百万的页面。小站还没发现那个扁平结构很好。所以，个人觉得，如非必要，网站结构还是尽量用树状结构较为好。
以上为个人观点，请大家分享自己的网站结构实测结果。